連江縣(馬祖列島)在民國四十五年六月才成立「馬祖衛生院」，以當時縣政府所在地復興村為院址，開辦民眾門診醫療業務，同年七月改名為「連江縣衛生院」。
戒嚴時期由於馬祖列島實施戰地政務，衛生醫療業務都由軍醫體系提供軍民門診及住院服務。民國七十五年由第一位本縣培養的楊綏生醫師接任院長，並著手遷院至原陸軍醫院所在地的本院現址。
在楊院長及院內醫護同仁共同努力耕耘之下，獲得民眾認同，也接下了照顧本縣居民健康的責任。
民國八十二年七月馬祖地區解除戒嚴，本院改制為連江縣立醫院，隸屬連江縣衛生局，仍負責本縣的醫療服務及衛生保健工作。並在衛生局局長劉增應醫師及現任院長謝春福醫師規劃下著手擴建醫療大樓，預定八十九年五月完工啟用，提供本縣居民一座四十張病床的現代化綜合醫院。
本院現有內科、外科、家庭醫學科、婦產科、小兒科、復健科、牙科門診，並設有手術室及產房，檢驗科、放射科、胃鏡室、超音波室等提供了完善的檢驗器材，藥劑科並有專業藥師提供藥品諮詢服務。但專業醫療人才仍然缺乏，尤其是專科醫師及放射師仍是本院努力招募的目標。
當馬祖列島對外交通日益改善之際，往日緊急將病患用漁船或商船後送台北市教學醫院治療的狀況已不復見。緊急救援直升機提供了民眾生命的保障，和三軍總醫院連線的遠距醫療系統也提高了醫療品質。展望未來，我們亟需您的加入，讓我們在這座山清水秀的島嶼繼續為每一位居民貼心地服務，讓這一塊美麗的應許之地裡的男女老幼都能身心健康地生活著。
我們由衷地如此企盼。