本院於民國57年4月由省立台北婦產科醫院暨省立台北兒童醫院合併成為台灣省立婦幼醫院(位於台北市中山北路二段)，嗣因台北市升格為院轄市，於民國61年3月由台北市遷移至新莊市現址作業，並改名為『台灣省立臺北醫院』。民國76年3月1日設置於台北市鄭州路原屬台灣省鐵路局之臺北鐵路醫院，奉令改隸本院，更名為本院城區分院。94年6月原隸屬國軍金門花崗石醫院，奉令改隸本院，更名為本院花崗石分院，又於同年10月與縣立金門醫院及列嶼分院合併改隸為衛生署金門醫院。本院走過27年歷史歲月後，於88年7月1日起改隸行政院衛生署，成為『行政院衛生署臺北醫院』。又於民國102年7月23日配合行政院組織改造，將原『行政院衛生署』結合社會福利機構改成立「衛生福利部」，本院亦更名為「衛生福利部臺北醫院」。
本院於92年SARS期間配合衛生署政策致力於防疫工作，不但照護近百位SARS病人外，且運用『視訊醫療』及多項感控措施避免院內感染發生，因此榮獲行政院頒發『績優有功醫院』；97年推動(HPH)健康促進醫院，並通過台灣健康醫院學會網絡團體會員審查；98年「台灣國際醫療衛生人員訓練中心」榮獲SNQ國家品質標章獎；100年榮獲「自動辨識系統整合應用之病人安全照護模式」SNQ國家品質標章；101年國際醫療人員訓練中心榮獲『國家品質標章SNQ銅獎』；103年通過『醫療服務國際化機構認證』，為衛福部醫院唯一通過認證的醫院，負起公立醫院應有的責任與義務；105年榮獲「第一屆國際醫療典範獎」團體獎之殊榮，並再度獲得SNQ國家品質標章認證。
本院於民國79年經行政院衛生署醫院評鑑，評定為「區域教學醫院」，民國95年5月新制醫院評鑑評定為優等，為衛生署所屬醫院第一家綜合醫院榮獲此殊榮，99年及103年再度榮獲新制醫院評鑑優等之殊榮。
民國91年，在衛生福利部的指導下，正式於本院設立『臺灣國際醫療衛生人員訓練中心(Taiwan International Healthcare Training Center, TIHTC)』，負起國際醫療外交及交流之責任，專責培訓國際友邦及友好國家醫療衛生專業人員，分享我國先進之醫療衛生專業知識、技術與經驗，將臺灣之醫衛強項行銷全球。TIHTC成立迄今已成功培訓來自78個國家、超過2,000位醫、護、醫技及管理階層人才；接待來自68個國家，逾1,300位衛生部官員、醫界領袖等國際訪賓；在國際重大災害發生之際，本院立即協助衛生福利部及外交部提供海外緊急醫療救援，順利完成23次醫藥物資籌備任務；此外，本院積極與各國衛生部、醫療院所及學術機構深化合作，與10國、38家醫療機構締結姐妹醫院及簽署合作備忘錄，讓雙邊醫衛交流更加順暢；更透過參與及共同主辦逾100場國內、外實體及線上研討會等方式交流，分享台灣經驗。 此外，本院並於97年承辦衛生福利部委託設置第一家海外長駐機構『駐馬紹爾群島共和國臺灣衛生中心(Taiwan Health Center in the Republic of the Marshall Islands)』，派遣醫療團隊包含專科醫師、護理師及志工長期於馬國推廣健康促進、宣導公共衛生、慢性病防治等預防保健，並協助訓練當地醫療衛生專業人員，為雙邊情誼奠定良好基礎，成果豐碩。
本院自成立以來，即秉持「視病猶親」以「病人為中心」的精神，身為公立醫院，我們用心了解社會需要，不以營利為目的，著重己身社會責任，長期關懷弱勢族群，在歷任院長卓越領導下，已建構健康促進、預防保健、中長期照護、急重症醫療的健康照護，在許多前人的睿智及決策，全體員工的辛苦努力及團結合作，培育眾多優秀醫療人才，使用先進醫療技術與儀器，造福無數在地民眾也深受大眾肯定。
宗 旨：全人醫療、誠信創新
核心價值：品質、效率、團隊、創新