東元綜合醫院之創立，源於新竹縣竹北鄉自台灣光復以來一直處於醫療資源極度缺乏，民眾無處就醫，許多寶貴生命無法挽救。
因此黃忠山院長昆仲秉持父親黃金石先生遺願，返鄉創設一座最現代化醫院，以為廣大鄉親提供最完善的現代化醫療服務。本院之籌設可溯自民國八十年，正值行政院積極推動國內十四項重大建設時，其中一項為醫療網計畫，主旨為提升國民健康、增強國力，由於新竹醫療網竹北醫療區屬於醫療資源極嚴重缺乏區，乃配合政府政策，接受行政院衛生署醫療發展基金之獎勵及輔導，著手規劃興建一現代化之綜合醫院，於八十二年十月一日破土動工，八十四年九月十九日完工啟用，並於八十四年十月一日正式開始為鄉親提供門診、急診及住院各項服務。
本院為新竹縣唯一的區域教學醫院，多次通過行政院衛生福利部醫院評鑑列為優等醫院，更於104年1月20由衛生福利部評定為竹竹苗區唯一的重度級急救責任醫院，肩負新竹縣55萬人口的急症、重症醫療。
本院為桃竹苗唯一通過急性冠心症照護品質認證醫院，更是唯一具備重度級緊急醫療救護能力的醫院，醫療照護團隊24小時全年無休輪值待命，爭取救命黃金時間救護病人。達成國際標準在90分鐘之內打通心肌梗塞患者血管，縮短病人急診診斷及心導管治療時間，對於急性冠心症病患更採取跨部門整合連續照護，跨15科部門團隊的照護,不只提供急性冠心症疾病的急性照護,更提供後續會診五大部門藥師、社工、營養、復健以及戒菸的防治,提供次級的預防疾病的再發生，也經由專責個案管理師負責個案追蹤與管理共同照護及後續的治療回診及用藥。
本院為新竹縣唯一的周產期照護中心，也是新竹縣唯一設有新生兒加護病房(NICU)及新生兒中重度病房(NBR)的醫院，更是唯一具有具備重度級緊急醫療救護能力的醫院，本院提供給產婦及新生兒最高品質的醫療照護及緊急醫療服務，針對高危險妊娠孕產婦各樣的緊急狀況，擁有豐富的處理經驗，由新生兒科醫療團隊與產科醫療團隊結合，共同提供完整的產前諮詢及會診，完成聯合評估及相關醫療照護。目前團隊有八位婦產科專科醫師及七位兒科專科醫師，此外更有其他相關醫療團隊資源，包含眼科醫師、呼吸治療師、藥劑師、社工師、營養師、兒科專科護理師、語言治療師、職能治療師、兒童心理師以及護理師等，提供早產兒完整及連續性的治療與早期療護。
本院緊鄰交通使用頻繁路段，如中山高速公路、福爾摩沙高速公路、高鐵及西濱公路等，為搶救災害樞紐位置。高速公路從林口以南到台中以北約130多公里，沿途未有其他重度急救責任醫院，故目前多數緊急事故皆送至本院搶救。 本院具備重大外傷處理能力，不分平日或假日，每天24小時皆可施行腦外傷出血手術、骨折、外傷、腹部外傷及腸胃道等外傷治療手術。使重大外傷病人能立即獲得適當的治療，挽救寶貴的生命。
在急性腦中風病人部分，本院無論是梗塞性或出血性的腦中風，不分平日或假日每天24小時都有能力緊急處理，另外關於腦中風之急性後期照護部分，本院積極提供有效之復健治療，讓腦中風病人得到完整的緊急醫療及後續的復健照護，讓病人在接受治療後，可恢復自理能力。
東元綜合醫院團隊隨時待命、搶救生命、分秒必爭，以維護新竹縣廣大縣民之生命安全為己任。除此之外本院婦產科及小兒科團隊更深受民眾信賴，新竹縣新生兒總生產數77% ，由本院接生，面對廣大有生育困難，需要醫療協助的夫婦，本院成立了艾微芙國際生殖醫學中心，並和美國史丹佛大學生殖醫學中心簽定技術合作， 聘請美國史丹佛大學生殖醫學中心 Barry Behr 教授、Jack.Y.J Huang 教授擔任顧問，更與全球最大卵子銀行 My Egg Bank 公司技術長Jeremy Chang博士簽定技術合作備忘錄、並聘請加拿大麥吉爾大學(McGill Univenty) 生殖醫學中心實驗室主任 Ri-Cheng-Chian 千日成博士擔任顧問，把世界最先進的技術引進台灣，讓台灣的生殖醫學及不孕症治療技術和品質與世界同步。
過去廿來年，東元綜合醫院懷著「以病人為中心的全人照護」精神服務新竹鄉親；未來，我們也將繼續達成「服務、專業、品質、熱誠」的使命，為更多的民眾提供最優質的醫療照顧與服務。