創建於民國五十二年(一九六三)元旦，土地面積約二千一百坪。寺內建一放生池，大約三百坪，使環境成為有水、樹林草坪花卉的佛教勝地。寺宇建築陸續增建，佛殿莊嚴，供奉釋迦牟尼佛和藥師佛。寺內計有緬甸僑僧奉贈三臺尺高白玉佛一尊，印度僑僧奉贈佛祖舍利二粒，並有由斯里蘭卡(錫蘭)移植來的佛陀成道菩提樹一棵(係屬第三代)，目前已栽種出二棵第四代，非常稀有。藏書有多部各式藏經，將來擬辦圖書館。南山放生寺開山住持蓮航長老，於民國三十八年獨自搭船自上海來台。因感近代戰禍連連，生靈塗碳，民不聊生，而提倡放生活動，並祈願能有機會開闢一大型放生池。希望能以慈悲之心，化解暴戾之氣。後經人介紹覓得南勢角有一田地(放生寺現址)約兩千一百坪左右，因地質濕軟利用價值不高，地主早就急欲脫手，但卻歷久皆乏人問津。後知長老欲建立寺廟，而以廉價售予長老。於是蓮航長老如願先挖佔地約500坪之放生池，蓄養放生之水族眾生，並持續提倡放生。而在放生池開挖後，因有池可聚水，四處土地便開始轉為乾涸，於是便有空地可供建設房舍。原本難以運用的濕軟土地，卻因放生池的成立，不可思議的變成一處利用價值高，可廣度眾生的三寶地，而至今仍源源不絕的天然泉水，也正是成立放生池的最佳先決條件，一切的轉變，猶如佛菩薩巧妙的安排。自民國五十年購地，五十二年開始施工，至民國五十四年完工，歷時四年放生寺的雛型才概略完成，水池定名為「無量壽放生池」。是時許多當代書法名家皆提筆揮毫祝賀，後經整編付梓，而成為一本融合宗教、藝術、文化的墨寶集──《南山放生寺護生碑林》。自此放生寺便以池為名，又因地處南勢角南山下，因而稱之為「南山放生寺」。而後為慶祝中華民國建國100週年紀念，寺中依當年所保存之《南山放生寺護生碑林》七十餘篇墨寶，刻碑立於放生池旁，以做開池建寺之永久紀念。此七十餘片墨寶碑文，皆是五0年代當時書法名家所撰寫，實為台灣少見之文化藝術建設。寺中並種有一棵早年由斯里蘭卡佛教團體所贈送極為珍貴之菩提樹苗，此乃印度釋迦牟尼佛成道時之菩提樹第三代。後又自然衍生出兩棵第四代菩提樹苗，經移植栽種，如今亦已長得極為茁壯，矗立於第三代菩提樹旁。因民國88年921地震後，舊有佛殿發現多處損壞，加以信眾日益增多，原有空間亦已不敷使用。因此在大眾的共同努力下，於民國92年又動工重建大雄寶殿及大寮(廚房)、僧寮(宿舍)，第一期工程於民國94年完工。民國96年十月第二期工程開工，於民國98年底完工，完成念佛堂、禪堂、藥師殿及大雄寶殿等建設。佛殿外牆崁有來自福建手工浮雕之青斗石〝五百羅漢〞聖像，成為極具特色之宗教建築。因放生寺附近之華興街乃台灣聞名之緬甸街，許多緬甸僑民皆居住於附近。加以寺中經常邀請緬甸禪師舉辦禪修活動。因此，在整體建設規劃中，又於放生池中修建一座緬甸式的佛塔，融合了南北傳佛教建築之精神象徵，同時亦可令附近之緬甸僑胞心靈有所寄託。本寺主供〝釋迦牟尼佛〞，另有一佛堂供奉〝藥師琉璃光如來〞，念佛堂供奉〝西方三聖〞。活動除了每年定期的法會之外，並不定期舉辦佛學講習及禪修營。同時並提供民眾臨終關懷，及每週六領眾念佛共修與舉行超薦儀式，為新亡超度作七，協助民眾處理一切親眷往生之善後，安撫家屬之心靈以達冥陽兩利。早期並曾舉辦多次大專、兒童佛學營。又於民國95年10月開始，每年舉辦「南山佛教文化研討會」，每屆舉辦2天共16場碩、博士論文研討會，邀集佛學專家學者共同研討佛法義理，並提供發表者獎助金，以鼓勵年輕學者多參與佛法研究的工作。民國97年底，邀集台灣之巴利學者專家，經過數次的會議溝通交流，自民國98年9月，開始正式進行《巴利聖典》之漢譯工作。 至民國101年止，並已出版多本禪修相關之著作，及完成一本《巴利聖典》漢譯著作。