Rumah Sakit Fakultas Kedokteran Universitas Nasional Cheng Kung berdiri pada tahun 1988, merupakan satu-satunya rumah sakit pendidikan terafiliasi di universitas di daerah selatan Tainan dengan tingkat nasional, merupakan pusat medis yang melewati akreditas Persatuan Komisi Medis.
Rumah Sakit Universitas Nasional Cheng Kung mendapatkan penghargaan kualitas nasional pada tahun 2008 – jenis kelompok instansi, selanjutnya pada tahun 2011 mendapatkan penghargaan kualitas layanan Taiwan.
Rumah Sakit Universitas Nasional Cheng Kung mempunyai 1.200 ranjang pasien, 23 ruang spesialisasi klinis dan 6 pusat klinis, bisa memberikan berbagai jenis pengobatan spesialisasi yang lengkap serta layanan gawat darurat, rawat nginap, rawat jalan dan pemeriksaan kesehatan yang berkualitas tinggi.