鹏村湿地面积约10公顷，位於林边乡及东港镇交界处，原为军事营区使用地，基地旁有大潭里东侧无名沟渠(区外污水截流)、南埔埤支线及海丰埤支线等三条明沟经过；此湿地主要将大潭里东侧社区、南埔埤支线及海丰埤支线排水先引进鹏村湿地内，利用自然净化功能减低污染量後，再排放至大鹏湾泻湖。湿地设计主要以表面流为主，并以深、浅埤塘来创造出多样的栖地空间，为了增加处理效率，在湿地沉淀池後段，增设潜流式湿地系统，帮助去除水中大部分的污染物。进水後先经由沉淀池与介质床的前处理，之後进入一系列的表面流湿地最後至出水口，基地初步配置如图。