十三行遺址在1991年11月23日由內政部指定為二級古蹟，現在就埋在八里污水處理廠的地下，當初是在民國46年由已故臺大地質系教授林朝棨先生無意中發現的，之後在民國48年石璋如教授、民國52年劉斌雄教授各作了一次挖掘，在這兩次的挖掘中，出土了土陶片、石器、鐵器、玻璃器以及瑪瑙珠、貝殼與獸骨等遺物，還包含有兩座墓葬，其中最重要的是肯定了十三行遺址的地層堆積擁有兩個文化層的重疊，下層為赤褐色網紋硬陶文化層；上層的是近代漢人文化層，具有清代一直到近代的漢式陶瓷片、銅錢、磚瓦以及房屋遺構等，一般學者認為漢人文化層最早不超過十七世紀末到十八世紀初。歷經過幾次的挖掘，發現出土的遺物以陶器最多，其形式與裝飾種類繁多，製作相當精美；石器方面則以凹石與石錘為主；在金屬器主要則是鐵器以及遍佈於遺址的鐵渣；裝飾品則是以玻璃質的珠飾、手環、耳飾、瑪瑙圓珠及古珠為主。另外在遺址中廣泛分布的墓葬，以側身屈肢及直肢葬兩種埋葬方式為主，有時還可以看到非常少見的無頭葬。十三行遺址已成為臺灣北部一處相當知名的史前文化，是延續了至少一千多年的史前聚落，所出土的鐵器更標誌著臺灣的史前文化在那時候已經由石器時代邁向了鐵器時代，來此，不禁感嘆人類物種演化之神奇。