秀姑峦溪发源於中央山脉的秀姑峦山，源於高3200公尺的秀姑峦溪上游，沿花东纵谷北流，於瑞穗乡东折，横切海岸山脉，而於大港口注入太平洋，全长约104公里，为台湾东部最大的河川，也是台湾唯一切穿海岸山脉的河川。秀姑峦溪切穿海岸山脉，切割出许多陡峭的峡谷，造成的曲流、河阶等地形景观，非常发达，是地质、地形的绝佳教室。秀姑峦溪下游，瑞穗到大港口段的秀姑峦溪峡谷，水道长约24公里，穿越二十多处激流、险滩，沿途峡谷雄伟、奇石林立，是台湾橡皮艇泛舟的热门去处；每年6-7月固定举行的秀姑峦溪泛舟观光活动，已成为最重要的泛舟活动。