卫生福利部台北医院(以下简称本院)前身可远溯于1968年4月，由省立台北妇产科医院(1949年8月成立)暨省立台北儿童医院(1959年1月成立)合并成为台湾省立妇幼医院(位于台北市中山北路二段)。嗣因台北市升格为院辖市，于1972年3月由台北市迁移至新庄现址作业，并改名为『台湾省立台北医院』。1987年3月1日设置于台北市郑州路原属台湾省铁路局之台北铁路医院，奉令改隶本院，更名为本院城区分院。
本院走过27年历史岁月后，于2013年7月23日起配合卫生署升格为卫生福利部，改隶属卫生福利部，成为『卫生福利部台北医院』。
本院设置之初原为一栋九层楼建筑，1985年奉省府核准扩建急诊、门诊、手术大楼，至1991年2月正式启用新大楼，总建筑面积为51,901平方公尺，目前总床数为517床，另设置附设护理之家40床。于1988年开始本院经行政院卫生署医院评鉴，评定为「区域教学医院」，2006年5月新制医院评鉴评定为优等，为卫生署所属医院第一家综合医院荣获此殊荣。
本院为大台北地区之公立区域教学医院，我们负有社会责任，如配合卫生政策推动各项活动，近年来国健局推动之四癌筛检、无烟医院、高龄友善医院及健康促进医院等政策，自2008年3月林院长上任以来，即抱持『以顾客服务为导向』的服务观，积极配合政策，尤其宣誓『预防保健及早期发现早期治疗』的理念，使本院同仁及小区民众更加了解健康的重要。积极推展健康促进活动，于同年6月通过台湾健康医院学会健康促进医院网络团体会员。
再者，本院位于新庄地区，近几年人口持续上升，目前已超过41万人口，林院长为服务急重症之乡亲，极力推展急重症医疗，将急诊科提升为急诊训练中心，积极提高急重症医疗照护，除了建置急诊加护病房降低病患外转的机会，期望成为在地最完整且最受信赖的区域医院，造福更多民众。再者，本院引进高級计算机断层（CT）及高級磁振造影仪（MRI），提供更低辐射剂量仪器与更高影像清晰度，以提升医疗质量；并斥资千万升级手术室设备，同时打造实力更坚强的心脏手术团队，2012年12月完成新庄地区首例开心手术，病患术后恢复良好，三日后即下床活动，本院心脏团队迈向新纪元，使新庄区、三重区、五股区、泰山区等心血管疾病病患，不必再大远道奔赴台北的医学中心进行手术。
在E化部份，RFID(无线射频)荣获2011年SNQ国家质量标章，以营造病人安心健康医疗环境，维护每个人的基本健康权，运用RFID在医疗技术、服务模式、及管理制度上去改善及强化，内容包括用药安全、医疗流程管理、长期照护、隔离病房及门禁管理等，写下病人安全史上崭新的一面。""
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