1907年,林澄清到日本求学,获东京大学医学博士,三十八岁返台。1933年3月7日,在台中市平等街( 锦町) 设立「澄清外科医院」,就是如今澄清医院的「前身」。
1948年底,林敬义博士接任澄清外科医院院长,1967年九月,改制为『澄清综合医院』。在1978年,经评鉴核准为三级教学医院,是台中市最早的教学医院之一。
1991年6月,升格准区域教学医院。1993年2月19日林高德博士任院长。1994年4月,升格区域教学医院。
在澄清外科医院成立之初,仅医师一人,目前全院的主治医师已达一百五十人,共有十三个医疗中心,三十六个次专科,是一家现代化的医院。在病床数方面,1932年有十四床,目前共有一千零五十二个病床位,病患遍及全省。
近年来,澄清医院更发展出自己的特色,如心肌梗塞治疗中心,是全天侯的收治病患,是中部地区的首创,神经内科的脑中风治疗中心、外科、妇科、癌症的腹腔镜手术、胃肠肝胆科成立肝癌中心、以及BID 、 IMRT 光子刀中心等