1907年，林澄清到日本求学，获东京大学医学博士，三十八岁返台。1933年3月7日，在台中市平等街( 锦町) 设立「澄清外科医院」，就是如今澄清医院的「前身」。
1948年底，林敬义博士接任澄清外科医院院长，1967年九月，改制为『澄清综合医院』。在1978年，经评鉴核准为三级教学医院，是台中市最早的教学医院之一。
1991年6月，升格准区域教学医院。1993年2月19日林高德博士任院长。1994年4月，升格区域教学医院。
在澄清外科医院成立之初，仅医师一人，目前全院的主治医师已达一百五十人，共有十三个医疗中心，三十六个次专科，是一家现代化的医院。在病床数方面，1932年有十四床，目前共有一千零五十二个病床位，病患遍及全省。
近年来，澄清医院更发展出自己的特色，如心肌梗塞治疗中心，是全天侯的收治病患，是中部地区的首创，神经内科的脑中风治疗中心、外科、妇科、癌症的腹腔镜手术、胃肠肝胆科成立肝癌中心、以及BID 、 IMRT 光子刀中心等