新港原属笨港范围，开发甚早，在清乾隆时期是台湾的重要港口，所以这里的居民为了祈求航运及商运，便建造了水仙宫、笨港天后宫及协天宫三座大庙。当中的水仙宫创建於乾隆4年(1739)，原址位於九庄笨港街上，由於十分简陋，所以乾隆45年(1780)，贡生林开周便倡议募资重建。嘉庆8年(1803)，北港溪泛滥，冲毁笨港市区及三座大庙。所幸到了嘉庆19年(1814)，民众、匠师利用部分寻获的建材重建於现址，规模有两个大殿和左右厢房。道光28年(1848)，再增建後殿，以附祀原本协天宫供奉的关帝圣君。这次後殿增建捐献者的行号、船号、姓名以及各种开支项目，还详细记载於前殿的墙上石碑。一百年後，民国37年(1948)水仙宫才又进行一次整建。最近的古蹟主体修护工程，是在民国81年(1992)所完成。建筑简介:走进新港水仙宫，会经过四个主要大殿；最外是前殿(三川殿)，隔着中庭是拜殿和供奉大禹(水仙尊王)的正殿，最里面的後殿则供奉着关公(关圣帝君)的神像。各个大殿宽度都是三个柱距的面宽，左右侧以走廊前後连通。水仙宫属於国定古蹟，受到国家重视及保护的原因有:历史悠久达200多年；而且由於经历大水和地震，修建了很多次，所以在庙中可以看到清领乾隆、嘉庆、道光及民国时期加入修建的部位。水仙宫的雕梁画栋和巧妙的木造结构上也是少见的传统建筑珍品。值得一提的是，在台湾奉祀水仙的风气远不如妈祖信仰兴盛，所以只有最初移民开发的港口地区，如新港、台南及澎湖才有建庙，因此台湾最有规模的三大水仙宫也位在这三处。建筑特色:在水仙宫中只要抬头一望，就可以看到相当丰富的木雕和彩绘，尤其是木雕题材除了常见的鳌鱼(龙头鱼身)、狮子、凤凰、花鸟外，较罕见的是大象和龙。此外，水仙宫前殿屋顶的建筑力学原理也非常巧妙，利用了跷跷板的杠杆原理来支撑屋檐中央的重量，这种设计在台湾也很少见。本庙还拥有台南名家陈玉峰绘制的壁画和门神，亦值得欣赏。