北门区之生态环境属於泻湖生态，蕴含着丰富之鱼、虾、贝类及红树林景观，常见许多鹭鸟、水鸟，弹涂鱼和各种螃蟹，具有泻湖观光生态旅游之魅力。最让人注目的是每年10月到翌年4月到此作客的黑腹燕鸥，每到黄昏成群的黑腹燕鸥会在空中群聚飞舞，依照风向变换各种不同队型，相当壮观。海茄苳红树林曾经大量生长在北门蚵寮西边的北门泻湖区沼泽地带，後来开发为海埔新生地或辟为鱼塭，经常可见许多蚵架插置泻湖中，形成另一特殊的海岸景观。在台南政府全力复育红树林的政策下，泻湖南边之头港大排水，出海口长有面积约6公顷的海茄苳；在急水溪出海口淤沙较多的北门泻湖区海茄苳也再度繁殖，并引进种植水笔仔，在这两个据点设置红树林保护区，以翠绿的生态景观惊艳游客。