正统鹿耳门圣母庙，位於台湾西南沿海、占台江西缘北线(汕)尾屿北边的鹿耳门屿上。十二世纪末叶早已随着渔民的东来而驾临鹿耳门屿；最迟於十七世纪初叶，栖居北线尾与鹿耳门屿的海商渔夫已筑有草庙奉祀。时庙凡三落:前殿奉祀水仙尊王中殿主祀天上圣母，後殿供奉佛祖。此即鹿耳门圣母庙之创建，其所奉祀的天上圣母一座三尊，信徒尊称曰『鹿耳门妈』。 明永历十五年(一六六一)，延平郡王郑成功来台驱荷，进取台湾以作抗清复明之基地。郑王座舰行抵鹿耳门外时已潮退水浅，无法进港。郑王命设香案，冠带祷告，祈求皇天列祖赐助潮水；并乘後潮之际，下小船由鹿耳门屿登岸踏勘营地，蓦见圣母庙，乃入内焚香默祷，祈求鹿耳门妈显灵庇佑。郑王返舰後不久，潮水果然较平时加涨，郑军四百战舰遂得鱼贯渡过天险鹿耳门港道，驶入台江，歼灭荷方水陆两军，大获全胜，奠定驱荷开台之基础。 明永历十六年(一六六二)春，荷人投降离台後，郑王开台大业底定，为答『鹿耳门妈』显灵相助之恩，乃大兴土木重建神庙於登陆处(位於鹿耳门屿西北隅滨台湾海峡)。庙分二殿，坐东向西，门迎海口；旁设炮台，设官把守；并增祀随舰护军之三尊圣母神像〔信徒称曰「国姓妈」〕，赠珍宝、立旗杆，春秋二祭:视为明郑官建之鹿耳门圣母庙。康熙末年修的《台湾县志》记其事云:在鹿耳门妈祖庙，康熙五十八年，各官捐俸重建鹿耳门圣母庙，其庙址位於鹿耳门屿与北线尾屿接壤处〔今鹿耳门溪下游北畔〕。其庙凡二殿，前殿祀妈祖，後殿祀观音，各覆以亭；两旁建僧舍六间，僧人居之，以奉香火:是为清领时期官建之鹿耳门圣母庙。神殿坐海向山，四周环海，南有七星﹝七个鲲鯓﹞护穴，北有钩月〔青草仑〕高照，四面浪涛澎湃，彷如罗汉侍奉；鹿耳门妈端坐莲花之地，日观万山耸翠，夜览千舟鱼灯。清雍正乾隆年间，鹿耳门商民云集、香客如潮，圣母庙香火鼎盛，冠甲全台。