茅港尾位於下营区内。从现今所发现的考古遗址来看茅港尾周边早就有人群的踪迹；「茅港尾」、「开化」、「右武卫」、「桥南」、「西寮」、「菜园港」、「老师园」、「下营大港」、「南廍」等遗址。其中西寮遗址是目前国内面积最大的遗址；民国58年所发现的大型巴图形石器最为特别。在荷兰时期与郑氏时期之间所撰的《梅氏日记》中记载着位於麻豆与哆罗嘓之间有条「茅港尾（Omkamboy）溪」，可知应开始有零星开垦。从地名及史料来看，可知茅港尾直到清代都有原住民的活动，如「社内」、「麻豆寮」等地都是当时原住民居住之地。〈郑氏台湾军备图〉中记为「梅港尾」，为郑氏北路屯田政策的第一处，也因天然海汊地理之便，吸引更多入垦之民。清康熙23年（西元1684年）设茅港尾堡，茅港尾逐渐成为整个堡内之行政中心。清康熙末年以来形成街市，带来茅港尾的全盛时期。清代方志《诸罗县志》中描写「茅港尾街；在桥南，邑至府一路市镇，此为最大」、「倒风之水分三港，南为茅港尾港（海汊，往郡大路，商船到此载五榖、糖、菁货物。港水入至二太爷庄止）」，皆凸显当时茅港尾之繁盛，并有大量公共建设，设军事塘汛、仓廒、公馆、渡桥、渡口、舖兵、陂圳及官道等。当时茅港尾已有的五条大街（茅港尾街、社内街、公馆街、二坑街、社尾街），热闹繁盛，为当时汉人的主要市街。而清领时期分类械斗纷争不断，许多械斗事件皆波及茅港尾，以康熙40年（西元1701年）刘却之役、乾隆51年（西元1786年）林爽文事件、道光12年（西元1832年）张丙之乱最剧。清中叶前後，溪水冲刷，海埔新生地生成，茅港尾港日渐淤塞，加上地震、兵戎和瘟疫，商港地位就逐渐让给了麻豆港，蜕变成农庄。日治大正9年（西元1920年）实施「地方制度改正」，茅港尾行政划分改属下营庄，至今属台南市下营区茅港里。日治时期至今皆无重大公共交通建设通过茅港尾，繁华逐渐退尽，成为宁静的农村。 先民於郑氏时期携茅港妈金身香火入茅开垦，明永历31年（西元1677年）立简祠供奉，茅港妈香火至此而开。清康熙52年（西元1713年）改建，渐成为整个茅港尾堡之公庙，人称「堡头庙」。清代以降，堡内各庄有遶境活动，皆迎请茅港妈出巡、镇殿、监香。乾隆51年（西元1786年）林爽文事件扩及全台。事件爆发後，福建陆路提督梁朝桂领兵至湾里溪（今曾文溪），茅港义民接迎清军，并以本庙及茅港尾观音寺作帷幄，民居为兵营，并为之向导，有协收复铁线桥、盐水港之功。告平之後，梁提督奏请高宗皇帝嘉勉，乾隆55年（西元1790年），褒封茅港妈为「护国庇民妙灵昭应宏仁普济福佑群生天后」，敕封「天后宫」及「护国庇民」之诏书。梁提督敬献「神昭海表」匾以谢神恩；因此在茅港尾名绅黄清渊所撰之《茅港尾纪略》便记「故当我茅全盛之日，神舆晋郡，入谒台南天后宫，有大北入、大北出之特例，即自大北门入、出亦从大北门也；别庄则无此特典。」，此外北港妈祖往郡城进谒时也皆以茅港尾为中继、夜宿之地；亦有与茅港妈、麻豆护济宫妈祖於麻豆「三妈会香」後一同入府城之例，可见茅港妈之特殊地位。道光26年（西元1846年），庙容残旧，信徒公议捐资修庙。同治元年（西元1862年），台南发生大地震，震损倒塌，董事许妈超发起重建事宜。同治12年（西元1873年）许妈超因案被捕，洪穷接任董事。时至光绪元年（西元1875年）落成竣工。进入日治时期後，本庙曾充作日军司令部。战後，民国51年成立「茅港尾天后宫筹建委员会」。民国64年竣工，为两落三开间之格局。後成立「庙翼及钟鼓楼增建委员会」，并重建金炉、修庙後围墙、辟花园，全部於民国73年完工谢土。民国81年本宫重新彩绘，力邀府城名师潘岳雄和学甲名师李汉卿来施作；其中以三川门门神彩绘为两位名师的经典合作之作，并於中港门两边分别落款，十分特殊。本宫也是李汉卿外聘支援画师的最後一庙。民国86年筹团往福建湄洲祖庙谒祖，回銮遶境茅港尾地区。民国99年逢茅港妈建庙333周年，举办为期三天的「巡香赐福遶境大典」，并往台南祀典大天后宫会香；而後成立筹组茅港妈祖会。民国百年北港妈下府城，再次停驾茅港尾天后宫。民国103年举行「堡内巡香」，百年後首次巡视茅港尾堡内各庄，受到各庄拥簇相迎。捻香袅袅时，祈茅港妈之盛灵、福佑群生之德，愿茅港妈香火永递不休，护堡佑民。(资料来源:茅港尾天后宫)