长兴宫的起始可追溯至清康熙年间，当地先民在曾文溪古台江内海拾获王船，认为是吉兆，便开始在溪旁盖起草寮成为庙宇参拜，但因古时曾文溪被当地居民称为《青瞑蛇》，意思就是汛期河道不断改变乱窜，造成沿岸灾情。在不断迁村，以及後来河道较为固定之後，长兴宫也搬到了现址，在几百年的岁月里，当地都还是维持着三年一科的王船祭典。进到长兴宫会发现一件有趣的事，就是大殿里的主神不是神像，而是一面令牌，这在满是林立庙宇的台南还蛮少见的，王船祭典时会在庙前设置王船，在王船正式下水前一周，会在庙附近的曾文溪畔设下香案24小时不间断地上香祭祀进行请水仪式，由在地耆老们轮班看守，这是一种几百年来深植在地人心的信仰也，长兴宫附近还保持着非常传统的乡间生活与人情，喜欢传统文化的旅人们绝对不可错过此处。