台南市左镇区以菜寮溪化石为名，1971年间菜寮溪畔发现台湾第1块人类化石，这块与山顶洞人同时期的「左镇人」化石，为台湾史前人类研究开启重要里程碑。菜寮溪流域因地层构造特殊，每逢大雨过後，河床上会出现地层冲刷出的古生物化石，化石蕴藏的质与量十分惊人，有古象、古鹿、犀牛之陆相遗骸，也有大量贝壳、鱼类之海相化石，出土的化石据考古学家的推测皆为更新世生物，也根据化石种类判断出台湾过去确实与欧亚大陆相连。为保护这块化石宝地，阻止这批珍贵的宝物流失，台南市政府在1981年正式成立菜寮化石馆，收集保存并展示菜寮溪挖掘出