埔里基督教医院(以下简称埔基)五十年的发展，在台湾偏远地区医疗宣教所扮演的角色，有其独特之处。埔基虽然只是一间小规模的小区医院，但却是神照顾弱势偏远地区民众身心灵健康的重要产业。让我们存着谦卑、敬畏上帝的心，见证上帝依然是埔基历史的主宰。回首这五十年来埔基的历史大概可分为四大时期 ：
基督教山地中心诊所时期（1956-1957）
第二次世界大战后台湾百业萧条，偏远农村地区更是物资匮乏。当时美籍宣教士孙理莲宣教士，有感于一位伤心欲绝的原住民母亲，亲手埋葬十位子女的悲惨景况，乃凭借信心倚靠上帝，创立芥菜种会。自美国募款，协助此偏远原乡部落的医疗缺乏。1955年于埔里镇中山路1030号，建立基督教山地中心诊所，此为埔里基督教医院的前身。民国四十五年一月十六日举行开幕感恩礼拜，邀请南投在地谢纬医师（牧师）担任第一任院长，开启东台湾山地医疗先河。创办人之一挪威籍宣教士徐宾诺护理师回忆选择埔里设立山地中心诊所原因，因为埔里镇位于台湾的中心点，同时担任原住民山产农作物的交易集散地，附近山区有两万余位原住民。
埔里基督教山地医院时期（1958-1983）
「基督教山地中心诊所」免费替原住民看病的好消息，透过教会和原住民间口耳相传，很快的吸引全省各地贫穷的原住民，纷纷翻山越岭走路来到埔里就医，让原本只有设置六张病床的诊所，第二天就涌进十五名病患，其中十名病患是肺结核病人。因此诊所另外租用鲤鱼潭旁的台地，由他们自行搭屋，作为肺病疗养病房。 但是陪伴亲友前来看病的原住民，无法当天往返，又没钱住旅社，都挤身简陋工寮过夜。某晚谢医师巡视病患，惊讶发现病房内挤满了人，却找不到病患。为此再向爱兰教会承租崎顶土地，用竹子搭盖八间病房，提供住诊使用。当年世界展望会提供埔基一般经费，援助薪资和购买药品之用。创办人鲍伯皮尔斯会长（Dr.Bob.pierce）来台视察，惊见此景及工作同工们服务精神深受感动，当场签出一张空白支票嘱咐第二任院长徐宾诺买下埔基现址土地，并着手建院。这间医院的建材是埔里地区第一栋钢筋水泥建筑，1962年6月24日埔里基督教山地医院献院感恩礼拜。此医院的落成，象征着埔基由诊所进入现代化医院的服务，是新的里程碑。也是当时南投县第一所设备新颖的现代化医院。挪威宣教师夫妇徐宾诺及纪欧惠医师陆续在此医院服务病患，并成立了埔基护校及小儿麻痹之家，照顾了许多原住民小朋友及少女。
财团法人埔里基督教医院时期（1984-1999）
1984年医疗法成立，政府要求教会医院成立财团法人。当时董事长吴震春医师主张应向政府登记，成立财团法人，裁决要当年的成亮副院长积极办理。拥有埔基大部分土地的展望会，对耕者有其田的概念非常清楚，庄文生会长(也是埔基董事)，决定将埔基所登记在展望会名下的土地转移给埔基，让埔基以这些土地不动产，向法院申请成立财团法人。1985年5月23日卫生署核准埔里基督教医院为财团法人。聘请纪欧惠医师为第三任院长，成亮先生任行政副院长，赵文崇医师任医务副院长。埔基是上帝的产业，是信心的果子，展望会协助埔基成长独立为福音机构，树立美好的典范。 埔基以「小而精致」的医院为发展的目标。「小」取「麻雀虽小，五脏俱全」之意；医院必须在内外妇儿急五个重要一般疾病科别都要有爱心又仔细的医师来服务此地区的住民。「精致」取需有特殊服务项目，有别于其它医院的一般服务项目为特色。因此开设妇产科，由彰化基督教医院支持一位妇产科医师，本院有纪欧惠院长和另一位菲籍妇产科医师共同开办妇产科；小儿科也开始有彰基小儿科医师支持住院诊疗，其它尚有菲籍家庭医学科医师搭配几位年老医师，四大科蔚然成型！
1991年吴文勇医师接任医院院长，着手进行埔基的信息计算机化工程，埔基的医疗业务转趋稳定。1992年埔基的门诊量约450名，使用60床病床；全体员工仍维持140-150名左右。每月的营运开始有盈余。董事会预估2003年埔里地区的人口数会达15万人，届时大埔里地区的医疗需求可能会不足。董事会有计划的在为埔里地区建立一个可以独立运转的区域级教学医院。即着手兴建宣教医疗大楼，向银行贷款三亿七千万元。1994年吴文勇院长倦勤退任，时任董事的台中荣总类风湿科主任黄蔚医师受聘为埔基第五任院长继续领导埔基团队。
现今的埔里基督教医院（1999-至今）
九二一大地震的侵袭，迫使埔基一夕之间必须担负起灾区紧急医疗照顾的工作；更在重建路途上扮演着守护小区健康的重要角色。对于原本就已经背负着庞大债务的医院而言，无异是雪上加霜。神却在此世纪灾难中补足埔基一切的缺乏更使她有余。并使埔基站稳脚步，平安从废墟中再度站立起来。我们在绝望不足之时，见证神的恩典仍丰丰富富足够我们使用，也让我们明白在患难中更要常常喜乐的教训。2003年黄蔚院长带领埔基三任九年圆满功成退任，并继续在医院服务。曾于1985年任医务副院长，时任彰化基督教医院小儿神经科主任也是埔基董事的赵文崇医师，时隔二十年，受聘又回到埔基的医疗团队，继续带领480位员工，守护偏远大埔里地区百姓的健康，成为第六任院长至今。赵院长率领全体埔基员工完成921灾后医院重建，落实医院医疗信息化及提升医院的服务质量，通过卫生署医策会的评鉴，成为南投县唯一的区域级医院。并于2011年四月荣获第21届国家质量奖迄今。
回顾埔里基督教医院的医疗宣道史，我们发现上帝的恩典没有一刻离开这个医院。一路有惨淡经营的辛酸，充满筚路蓝缕的艰难与挑战；但逐日茁壮的历程里，却有上帝万能的手扶持同行的痕迹。埔基的医疗宣道史，是接连于万能的神要将全人类从罪恶的权势里释放出来的旨意。溯本追源是和主耶稣升天前「到普天下传福音」的交代相结合的，是神那自古拯救应许实践的一部份。这个地区在世界大地图里，小到连点都算不上；福音的进入并不比台湾甚或世界的其它地方稍晚。但感谢神，祂并不看轻。