建於西元1661年，主祀保生大帝，是学甲区最大的庙宇，也是学甲人的信仰中心。来到学甲市场边一定会看见壮观的慈济宫牌楼，闻名全台的上白礁祭典就是来自於此，庙内主神像是当年郑成功部将陈一桂渡海时由漳州的白礁村携来，传说这尊携来的保生大帝神像，是漳州白礁慈济宫建於北宋时就雕刻的三尊神像之一，弥足珍贵。 每年农历3月11日是学甲最重要的上白礁谒祖祭典，会在将军溪畔的白礁亭举行遥祭祖庙白礁慈济宫的仪式，是台南重要的文化资产。此外，慈济宫还有叶王交趾陶文化馆，台湾着名交趾陶艺师叶王曾在西元1860~1862年间修建慈济宫，也因此得以典藏200多件的叶王交趾陶作品，是值得一看的珍贵资产。