在台湾海峡两岸有两座"慈济宫"，分别是闽南九龙江口龙池岩白礁乡慈济宫，另一处就是台南市学甲区慈济宫，二边供奉的都是"保生大帝"──宋代民间医生吴本。位於学甲市区中心的慈济宫，创庙於十七世纪初期，为全台保生大帝的开基祖庙。庙内奉祀的主神保生大帝神像，乃宋代之开基古祖神像，已有八百多年的历史。闻名全台的慈济宫「上白礁」祭典，从创庙伊始至今未曾中断过。「上白礁」活动，系由学甲十三庄民於每年三月十一日先民登陆日，组成香阵前往登陆地的头前寮「请水」谒祖，遥祭中国白礁慈济宫祖庙的寻根活动。「上白礁」祭典後来演变成学甲大刈香的「学甲香」，其规模之庞大，乃全台之最。学甲上白礁的活动，由当地信徒策画举行，参与的各式阵头，艺阁十分琳琅满目， 均是台湾民间少见的艺阵，诸如十二婆姐阵，百足真人阵等，游行的队伍先在学甲境内进 行瘟庄遶境的活动，然後跟随着保生大帝的神轿，来到将军溪畔当年先民登陆的地点， 举行谒祖祭典，遥祭福建白礁祖庙，最後再进行请水仪式，以表示饮水思源，感念祖德。