本馆以学校团体和家庭团体为目标观众，是一座兼具展示、教育、研究、蒐藏、休闲娱乐功能，以激发观众「亲近海洋、认识海洋、善待海洋」，并使「海洋」得以永续发展为使命的博物馆。 海科馆将藉着各项展览、教育、研究和蒐藏活动，呈现与诠释有关海洋科学与科技的发展及应用、台湾海洋文化的形成、海洋生态的演化、及人类与海洋的关系。 同时强调基隆与八斗子地区的文化与环境特色，结合周边区域(碧砂观光渔港、八斗子渔港、渔村、滨海公园、海湾等)及相关单位(渔业署、水产试验所、海洋大学、 台湾国际造船股份有限公司基隆厂、基隆市政府、基隆区渔会等)等在地特色，形成一处以「海洋」为主题的教育与休憩观光廊带，成为一个具有独特风格的海洋教育与观光休闲园区(简称海洋教育园区)。 海科馆基地东、北侧临太平洋，紧邻台2线，并有碧砂渔港、八斗子渔港、长潭里渔港、望海巷渔港分别位於基地之两侧，海科馆设施可结合周边的渔港空间，成为基隆地区最大的都会活动场所，吸引人潮汇集，有助於带动整体基隆的发展，形成都会区重要的活动中心。 此外，海科馆基地位置也位於基隆地区、东北角海岸与九份、金瓜石风景及瑞芳平溪风景区带的枢纽，海科馆将藉由位於「大东北角风景带」的核心枢纽位置，将园区景点、周边观光资源及海湾、水下游憩等项目结合，创造出优质的海洋体验，发挥本馆海洋生态保育之特色，吸引人潮汇集，提昇地区整体经济发展，有效整合及带动「北台湾观光休闲廊带」的发展。