连江县(马祖列岛)在民国四十五年六月才成立「马祖卫生院」，以当时县政府所在地复兴村为院址，开办民众门诊医疗业务，同年七月改名为「连江县卫生院」。
戒严时期由于马祖列岛实施战地政务，卫生医疗业务都由军医体系提供军民门诊及住院服务。民国七十五年由第一位本县培养的杨绥生医师接任院长，并着手迁院至原陆军医院所在地的本院现址。
在杨院长及院内医护同仁共同努力耕耘之下，获得民众认同，也接下了照顾本县居民健康的责任。
民国八十二年七月马祖地区解除戒严，本院改制为连江县立医院，隶属连江县卫生局，仍负责本县的医疗服务及卫生保健工作。并在卫生局局长刘增应医师及现任院长谢春福医师规划下着手扩建医疗大楼，预定八十九年五月完工启用，提供本县居民一座四十张病床的现代化综合医院。
本院现有内科、外科、家庭医学科、妇产科、小儿科、复健科、牙科门诊，并设有手术室及产房，检验科、放射科、胃镜室、超音波室等提供了完善的检验器材，药剂科并有专业药师提供药品咨询服务。但专业医疗人才仍然缺乏，尤其是专科医师及放射师仍是本院努力招募的目标。
当马祖列岛对外交通日益改善之际，往日紧急将病患用渔船或商船后送台北市教学医院治疗的状况已不复见。紧急救援直升机提供了民众生命的保障，和三军总医院连线的远距医疗系统也提高了医疗品质。展望未来，我们亟需您的加入，让我们在这座山清水秀的岛屿继续为每一位居民贴心地服务，让这一块美丽的应许之地里的男女老幼都能身心健康地生活着。
我们由衷地如此企盼。