台南市左鎮區以菜寮溪化石為名,1971年間菜寮溪畔發現台灣第1塊人類化石,這塊與山頂洞人同時期的「左鎮人」化石,為台灣史前人類研究開啟重要里程碑。菜寮溪流域因地層構造特殊,每逢大雨過後,河床上會出現地層沖刷出的古生物化石,化石蘊藏的質與量十分驚人,有古象、古鹿、犀牛之陸相遺骸,也有大量貝殼、魚類之海相化石,出土的化石據考古學家的推測皆為更新世生物,也根據化石種類判斷出台灣過去確實與歐亞大陸相連。為保護這塊化石寶地,阻止這批珍貴的寶物流失,台南市政府在1981年正式成立菜寮化石館,收集保存並展示菜寮溪挖掘出