台江鲸豚馆於2005年启用，位於盐田生态文化村旁，进到鲸豚馆会见到巨大的抹香鲸骨骼标本(馆目前陈列为布氏鲸，原抹香鲸因遭民众触碰多处损毁，送成大王建平教授修管)，大家应该还记忆深刻，馆内目前存放展示的标本，是在2004年於台南市西门路小北夜市附近爆裂的母子抹香鲸遗骨所制作的，当时新闻可是全国的头条大事，所幸整理过後一切回复如常，目前骨骼也完整保存於此，馆内的解说看板上，也有介绍几个鲸鱼搁浅的历史及原因，目前在此展示的是全台最大最完整的标本，除骨骼标本外还有许多巨大的鲸鱼内脏标本等展示於此，让许多游客看完啧啧称奇。鲸豚馆附近还有一个台江鲸豚救援中心，在附近海岸搁浅的鲸豚都会被送到这里来照料救援，是非常适合对孩子们生命教育的场地，来此可连同附近的盐田生态文化村一起走逛，会让整个行程更为丰富。