西元1661年，延平郡王郑成功率领战船、将士，到达鹿耳门外海。但因为水位太浅，大船无法进港，便在船头设香案祷告苍天，当时舰上有一尊随舰妈祖，蒙妈祖庇佑，瞬间潮水骤涨丈余，大军得以鱼贯而入，顺利攻取赤嵌楼也收复台湾。郑成功感念妈祖的恩德，於是在鹿耳门建庙，将随舰妈祖奉祀於庙内，也成了鹿耳门天后宫的最初雏形。但其实鹿耳门天后宫曾在1871年时曾到一场大洪水给冲毁，台江内海也在这些年内逐渐淤积，鹿耳门港成了船只无法通行的土地，台湾八景之一的「鹿耳连帆」，也就此一去不返，妈祖也在洪水後由炉主轮流供俸，直到1946再次於现址建庙，1977年再次扩建，目前看到的鹿耳门天后宫已是2002年再次斥资建设後的模样，但不管如何，鹿耳门天后宫的妈祖依然是来往游客必定进入参拜的圣殿。