大鹏湾摆脱了过去军事用途背景与蚵田遍域的岁月，目前朝向水上观光游憩活动发展。然欲推动水上游憩活动，首先要考量水质够好否。有监於此，鹏管处投入大量心力长期做水质监测。 为改善水质，并兼顾恢复当地原有湿地景观，具体作法就是利用环湾周遭已经废养的鱼塭，加以改造变身成为：基础建设投资少、运行费用低、管理维护简单方便、兼有调节微气候、改善环境等诸多功能的「人工湿地」，作为废污水处理基地。 由於大鹏湾人工湿地群所处理的废污水，以周遭养殖鱼塭排放的废水为主，而养殖鱼塭所用之水乃来自於大鹏湾域的海水，故湿地所要处理的不是淡水，而是海水，所以大鹏湾诸多湿地，为国内少数的咸水人工湿地，算是一大特色。事实证明，湿地环境中所栽植的水生植物，有效地改善了当地原有的生态景观，同时增加水生动植物的生活空间，丰富美化大鹏湾水域景观，突显出绿色生态。