马祖天后宫位於马祖村,是岛上妈祖的信仰中心,信仰者众,香火鼎盛。 南竿马祖村居民口耳相传,当妈祖之父遭逢船难,她便投海救父,却不幸遭恶浪吞噬,屍身漂至村内澳口,後经居民发现後拾起安葬,民众为感其孝心,以雕刻凤纹的石棺厚葬。妈祖生前为善人间,又得地灵之利,於 9月初9在此羽化昇天。明朝时,妈祖受封为天妃,清康熙时晋封为天后,也就是天上圣母的别称,因此供奉妈袓的庙,便命名为天后宫。 早年庙貌陈旧,民国32年和平救国军司令张逸舟曾督饬重建,後又经多次整修,现为宫殿式建筑,整体庄严,并且结合两岸三地工匠共同完成,雕梁画栋、精致堂皇。本庙曾举办全县无数场大型信仰文化活动,并经常与两岸三地各天后宫往来会香,是马祖香火最旺的庙宇。 每年妈祖农历生日时,都会举办盛大的庆祝及绕境活动,当晚灯火通明,鞭炮声不绝於耳,庙会气氛浓厚。 2009年3月,马祖籍画家及登山家李小石,带着妈祖金身爬上喜马拉雅山,让祂成为第一尊登上圣母峰的神明。该金身现在正供奉在马祖天后宫,供信众参拜。