马祖故事馆位於马祖日报社的社址中,为留存及见证马祖成长的故事,马祖日报社计画性建立历史资料储藏库,着手进行包括出版马祖老照片故事专刊以及马祖新闻故事选集、成立马祖电子报、设立马祖日报智库以供各界阅览下载使用等等;2005年,马祖日报社向中央提出了兴建报史馆的构想,後来获得文建会补助经费,将报史馆的概念延伸成「马祖故事馆」,更加丰富了展场的内涵。故事馆不仅陈列战地政务时期马祖的文物、照片,让游客得以步入历史时空,体会战地时期的马祖生活情境,感受两岸对峙下的前线氛围,更运用现有典藏资料做完整呈现,周边空间、场地充分利用,使内容丰富生动,提供观光客不同的体验价值。