十三行遗址在1991年11月23日由内政部指定为二级古蹟，现在就埋在八里污水处理厂的地下，当初是在民国46年由已故台大地质系教授林朝棨先生无意中发现的，之後在民国48年石璋如教授、民国52年刘斌雄教授各作了一次挖掘，在这两次的挖掘中，出土了土陶片、石器、铁器、玻璃器以及玛瑙珠、贝壳与兽骨等遗物，还包含有两座墓葬，其中最重要的是肯定了十三行遗址的地层堆积拥有两个文化层的重叠，下层为赤褐色网纹硬陶文化层；上层的是近代汉人文化层，具有清代一直到近代的汉式陶瓷片、铜钱、砖瓦以及房屋遗构等，一般学者认为汉人文化层最早不超过十七世纪末到十八世纪初。历经过几次的挖掘，发现出土的遗物以陶器最多，其形式与装饰种类繁多，制作相当精美；石器方面则以凹石与石锤为主；在金属器主要则是铁器以及遍布於遗址的铁渣；装饰品则是以玻璃质的珠饰、手环、耳饰、玛瑙圆珠及古珠为主。另外在遗址中广泛分布的墓葬，以侧身屈肢及直肢葬两种埋葬方式为主，有时还可以看到非常少见的无头葬。十三行遗址已成为台湾北部一处相当知名的史前文化，是延续了至少一千多年的史前聚落，所出土的铁器更标志着台湾的史前文化在那时候已经由石器时代迈向了铁器时代，来此，不禁感叹人类物种演化之神奇。