秀姑巒溪發源於中央山脈的秀姑巒山，源於高3200公尺的秀姑巒溪上游，沿花東縱谷北流，於瑞穗鄉東折，橫切海岸山脈，而於大港口注入太平洋，全長約104公里，為台灣東部最大的河川，也是台灣唯一切穿海岸山脈的河川。秀姑巒溪切穿海岸山脈，切割出許多陡峭的峽谷，造成的曲流、河階等地形景觀，非常發達，是地質、地形的絕佳教室。秀姑巒溪下游，瑞穗到大港口段的秀姑巒溪峽谷，水道長約24公里，穿越二十多處激流、險灘，沿途峽谷雄偉、奇石林立，是台灣橡皮艇泛舟的熱門去處；每年6-7月固定舉行的秀姑巒溪泛舟觀光活動，已成為最重要的泛舟活動。