台南市左鎮區以菜寮溪化石為名，1971年間菜寮溪畔發現台灣第1塊人類化石，這塊與山頂洞人同時期的「左鎮人」化石，為台灣史前人類研究開啟重要里程碑。菜寮溪流域因地層構造特殊，每逢大雨過後，河床上會出現地層沖刷出的古生物化石，化石蘊藏的質與量十分驚人，有古象、古鹿、犀牛之陸相遺骸，也有大量貝殼、魚類之海相化石，出土的化石據考古學家的推測皆為更新世生物，也根據化石種類判斷出台灣過去確實與歐亞大陸相連。為保護這塊化石寶地，阻止這批珍貴的寶物流失，台南市政府在1981年正式成立菜寮化石館，收集保存並展示菜寮溪挖掘出