创建於民国五十二年(一九六三)元旦，土地面积约二千一百坪。寺内建一放生池，大约三百坪，使环境成为有水、树林草坪花卉的佛教胜地。寺宇建筑陆续增建，佛殿庄严，供奉释迦牟尼佛和药师佛。寺内计有缅甸侨僧奉赠三台尺高白玉佛一尊，印度侨僧奉赠佛祖舍利二粒，并有由斯里兰卡(锡兰)移植来的佛陀成道菩提树一棵(系属第三代)，目前已栽种出二棵第四代，非常稀有。藏书有多部各式藏经，将来拟办图书馆。南山放生寺开山住持莲航长老，於民国三十八年独自搭船自上海来台。因感近代战祸连连，生灵涂碳，民不聊生，而提倡放生活动，并祈愿能有机会开辟一大型放生池。希望能以慈悲之心，化解暴戾之气。後经人介绍觅得南势角有一田地(放生寺现址)约两千一百坪左右，因地质湿软利用价值不高，地主早就急欲脱手，但却历久皆乏人问津。後知长老欲建立寺庙，而以廉价售予长老。於是莲航长老如愿先挖占地约500坪之放生池，蓄养放生之水族众生，并持续提倡放生。而在放生池开挖後，因有池可聚水，四处土地便开始转为乾涸，於是便有空地可供建设房舍。原本难以运用的湿软土地，却因放生池的成立，不可思议的变成一处利用价值高，可广度众生的三宝地，而至今仍源源不绝的天然泉水，也正是成立放生池的最佳先决条件，一切的转变，犹如佛菩萨巧妙的安排。自民国五十年购地，五十二年开始施工，至民国五十四年完工，历时四年放生寺的雏型才概略完成，水池定名为「无量寿放生池」。是时许多当代书法名家皆提笔挥毫祝贺，後经整编付梓，而成为一本融合宗教、艺术、文化的墨宝集──《南山放生寺护生碑林》。自此放生寺便以池为名，又因地处南势角南山下，因而称之为「南山放生寺」。而後为庆祝中华民国建国100周年纪念，寺中依当年所保存之《南山放生寺护生碑林》七十余篇墨宝，刻碑立於放生池旁，以做开池建寺之永久纪念。此七十余片墨宝碑文，皆是五0年代当时书法名家所撰写，实为台湾少见之文化艺术建设。寺中并种有一棵早年由斯里兰卡佛教团体所赠送极为珍贵之菩提树苗，此乃印度释迦牟尼佛成道时之菩提树第三代。後又自然衍生出两棵第四代菩提树苗，经移植栽种，如今亦已长得极为茁壮，矗立於第三代菩提树旁。因民国88年921地震後，旧有佛殿发现多处损坏，加以信众日益增多，原有空间亦已不敷使用。因此在大众的共同努力下，於民国92年又动工重建大雄宝殿及大寮(厨房)、僧寮(宿舍)，第一期工程於民国94年完工。民国96年十月第二期工程开工，於民国98年底完工，完成念佛堂、禅堂、药师殿及大雄宝殿等建设。佛殿外墙崁有来自福建手工浮雕之青斗石〝五百罗汉〞圣像，成为极具特色之宗教建筑。因放生寺附近之华兴街乃台湾闻名之缅甸街，许多缅甸侨民皆居住於附近。加以寺中经常邀请缅甸禅师举办禅修活动。因此，在整体建设规划中，又於放生池中修建一座缅甸式的佛塔，融合了南北传佛教建筑之精神象徵，同时亦可令附近之缅甸侨胞心灵有所寄托。本寺主供〝释迦牟尼佛〞，另有一佛堂供奉〝药师琉璃光如来〞，念佛堂供奉〝西方三圣〞。活动除了每年定期的法会之外，并不定期举办佛学讲习及禅修营。同时并提供民众临终关怀，及每周六领众念佛共修与举行超荐仪式，为新亡超度作七，协助民众处理一切亲眷往生之善後，安抚家属之心灵以达冥阳两利。早期并曾举办多次大专、儿童佛学营。又於民国95年10月开始，每年举办「南山佛教文化研讨会」，每届举办2天共16场硕、博士论文研讨会，邀集佛学专家学者共同研讨佛法义理，并提供发表者奖助金，以鼓励年轻学者多参与佛法研究的工作。民国97年底，邀集台湾之巴利学者专家，经过数次的会议沟通交流，自民国98年9月，开始正式进行《巴利圣典》之汉译工作。 至民国101年止，并已出版多本禅修相关之着作，及完成一本《巴利圣典》汉译着作。