2000年8月13日，慈濟醫療志業在臺灣西部設置的第一家醫院-大林慈濟醫院，在 證嚴上人與全球慈濟人的祝福與期待之下正式啟業，開啟了慈濟在台灣西部地區醫療的新頁，大林慈濟醫院雖位處鄉間，交通系統位於高速公路大林交流道5分鐘距離、梅山交流道10分鐘距離，鄰近雲林與嘉義高鐵站車程約25分鐘內，全院同仁始終用心致力打造高科技、高品質、高人文觸感的醫療，以「守護生命的磐石」來自我砥礪，將宗旨「守護生命、守護健康、守護愛」的醫療文化與愛的種子，散播在豐饒的嘉南平原上落地生根，繁榮滋長。
從同仁、病人、環境、社區四大面向齊步推動健康促進醫院，大林慈濟醫院在2011年及2012年，分別獲得國內「健康促進醫院典範獎」，以及世界衛生組織頒發「國際健康促進醫院典範獎(Outstanding Fulfilment of WHO HPH Standards Award)」，是全球第一個獲得此殊榮的醫院。大林小鎮已向國際散發光與熱，吸引各國醫療人員前來觀摩學習。追求病人安全及醫療品質文化，近年2013年起迄今獲QCC金、銀、銅、創意獎、SNQ標章等64獎項、3項專利、發表與演講70場次以上。大林慈院積極跨越科際藩籬，團隊合心為每一位病人量身提供最適切完善的服務，本院擁有超過156名專科醫師及750名護理人員。2013年起導入「聚焦病人方法」PFM檢核改善醫療品質、2012-2016年連續5年獲頒發高齡友善醫院優良獎，發展整合醫療服務中心，如腫瘤中心、失智症中心、風免中心、關節中心、健康管理中心等以病人為中心之服務，成為台灣醫療院所學習的典範醫院之一。
大林慈濟醫院整合重難症專業人才及團隊，精進新醫療技術提供整合性醫療服務
- 關節鏡軟骨再生促進術：在病程尚未達到不可逆期前，藉由消除包括內側摩擦現象、局部或整體性滑膜炎、軟骨碎片、破損半月軟骨或外側壓迫現象等有害因素，並調整軟骨之間的壓力，提供受損軟骨一個適合再生的環境。
- 白斑症 (Dyschromia) 免疫療法：96.2 %的病人在三個月內就能控制住病情，能有效停止白斑擴散，持續治療下，3-4年內，80.5 %的病人能有不同程度的色素回長，甚至回復正常膚色。每年就診人數已達2656人，持續累積人次已達1萬2千多位病人次，求診病人遍及台灣及海外。
- 貝歇氏症腸道發炎重症 (Inflammatory Bowel Disease in Behcet disease) 治療：使用單株抗體治療貝歇氏症腸道發炎重症的醫院，平均使用三個月後可緩解疾病進展，本院95.83%病人的腸壁增厚治療後可以緩解；83.3%無腸道再出血 (rebleeding)；85.7%無腸道再穿孔 (reperforation)的情形。
- 器官移植(肝臟、腎臟)：健保署2016年最新公告移植存活率，本院腎臟移植3年存活率達到94%，台灣排名並列第5，肝臟移植五年存活率為70%(相當台灣平均)，而術後五年活體腎臟移植存活率為100%、肝臟為80%，成果優良。2001年至今完成113例肝腎移植及捐贈手術，其中63例為移植(含活體)手術。
- 經導管微創主動脈瓣置換手術：發展主動脈複合式手術，將傳統開胸主動脈弓置換手術跟血管腔內支架置放結合，大幅減少傷口範圍及手術後併發症。以導管微創方式進行主動脈瓣置換，與傳統手術相比，傷口大小、手術時間及恢復時程皆大幅減少。
- 尖端放射治療整合照護模式：2010年成立光子刀及銳速刀中心執行高精準度放射手術(誤差值<0.75mm)，讓病人可有免於開刀的治療選擇。並於2016年購入True Beam (標靶真光刀)，搭配6D智慧調控床，並創新呼吸調控治療技術，進行身體立體定位放射手術，建構最優化治療計畫資料庫SIEB-based。
- 全流程電子管控放射治療：開發整合型放射腫瘤資訊平台(Integrated Radiotherapy Oncology Information Platform [IROIP])，將放射治療全流程電子管控，系統性全面的提升放射治療安全，提升整體醫療品質獲兩項台灣專利。
- 腹腔鏡減重手術：提供「專業減重與代謝手術中心認證合格」之專業諮詢服務，整合式門診及減重手術，以改善病人三高等健康問題。
- 重難症冠心病之心導管介入治療：心導管介入性治療的傷口相較於外科開心繞道手術的傷口小（約2mm大小），復原時間短(術後即可活動)，對於心臟冠狀動脈疾病的治療成效顯著。
- 高難度大角度複雜性脊椎側彎脊椎矯正手術：僵直化脊椎炎或退化性疾病造成脊椎大角度彎曲，手術風險高，手術高度依賴醫師精湛技術能力與醫院配備。
- 內視鏡腦下垂體腫瘤切除術：手術後頭臉部外表無傷口，疼痛輕微，侵襲性低，恢復快速。
- 螢光顯微手術：以五胺基酮戊酸(5-Aminolevulinic Acid ; 5-ALA)做為螢光導引的切除術，是現今應用於惡性腦瘤切除的新技術，此技術可協助醫師提高腫瘤細胞清除率，進而提升病人存活率。
- 頭頸部腫瘤暨皮瓣重建：對於復發頭頸部病人者或多次電療者，為提升其存活率、降低復發率，本院以徹底根治性手術與游離皮瓣重建，來達成手術成功率、降低術後併發症。
- 腹腔鏡胰臟尾端切除手術：2013年起發展腹腔鏡胰臟尾端切除手術，此手術困難度高而複雜，台灣少有醫院可執行此項手術。
- 內視鏡黏膜切除術：內視鏡黏膜切除術對早期食道癌、胃癌、腸癌病人的長期存活率不比外科手術差，卻可避免大手術的風險與後遺症。
自2000年啟業開始，大林慈濟醫院便陸續接受來自國際的轉介病人，於海外亦有長期服務的資深志工團隊以及國際慈濟人醫會組織，全程協助國際間需要診治之病人。本院國際醫療服務中心設有專業的協調經理人，除了協助就醫看診的流程，也針對國際病人及家屬提供便利的服務（包含住宿、交通接駁、觀光、旅遊規劃等）和通訊設備的協助（包括電話、傳真、網路等）。對於國際友人有任何醫療保健的需求，本院提供親切優質的醫療服務團隊並以先進的醫療技術是國際人士來台灣就醫的最佳選擇。