臺南是台灣的發源地，正統鹿耳門聖母廟緣起於十六世紀前，因奉祀鹿耳門媽祖而興建。為臺灣唯一奉祀有八百年以上歷史鹿耳門媽金身，及建築面積第一大規模之媽祖廟。現今廟宇共分為五王殿、媽祖殿、佛祖殿、大士殿、天公殿等，仿紫金城宮殿式的北方建築；每年大年初一起舉辦新春嘉年華系列活動，以及大年過的元宵高空煙火秀、炸蜂炮、迓春牛遊行等活動，人潮絡繹不絕！鹿耳門媽祖的活動不僅如此，農曆三月廿三日鹿耳門媽壽誕舉行白米捐獻濟貧，虱目魚料理免費品嚐；每逢丑、辰、未、戌年舉行的三年一次的土城香醮；另外廟方附設福德錢、文物館、文創館、香客大樓，在在兼顧文化、觀光、美食、休閒、慈善，使得正統鹿耳門聖母廟成為臺南地區的首屈一指的觀光廟宇。鹿耳門天后宮歷史概述西元1611年（明永曆十五年）鹿耳門媽顯靈助漲潮水以利鄭成功大軍入臺降服荷軍。西元1162年，荷人投降，鄭王為酬謝鹿耳門媽而重建神廟，並增祀隨艦護軍之文、武館媽及國聖媽；鹿耳門嶼漸成為台灣門戶，躍為軍商重鎮，鹿耳門媽的地位益形崇高且神威顯赫，屢顯聖跡。西元1831年（道光十一年）曾文溪氾濫，聖母廟遭洪水沖毀，鹿耳門媽等神尊於是寄祀三郊海安宮。西元1918年（民國七年）二建聖母廟落成安座，並將寄祀海安宮之鹿耳門媽等七十餘神尊迎回奉祀。西元1913年（日、大正二年）泉州富美宮流放一艘五府千歲王船途經險惡臺灣海峽停靠土城沿海，經媽祖靈示為邀請來護佑萬民，於是土城民眾迎回築一王宮奉祀。西元1916年（大正五年）前往迎回因古聖母廟受洪患臨時寄祀三郊鎮港海安宮之鹿耳門媽等七十餘尊神像。西元1918年（大正七年）二建神廟落成，名為保安宮，直到1960年才更名為《鹿耳門聖母廟》。西元1981年，歷經多次維修重建，在媽祖神威庇佑下，三建神廟終於落成。