正統鹿耳門聖母廟，位於臺灣西南沿海、占臺江西緣北線(汕)尾嶼北邊的鹿耳門嶼上。十二世紀末葉早已隨著漁民的東來而駕臨鹿耳門嶼；最遲於十七世紀初葉，棲居北線尾與鹿耳門嶼的海商漁夫已築有草廟奉祀。時廟凡三落:前殿奉祀水仙尊王中殿主祀天上聖母，後殿供奉佛祖。此即鹿耳門聖母廟之創建，其所奉祀的天上聖母一座三尊，信徒尊稱曰『鹿耳門媽』。 明永曆十五年(一六六一)，延平郡王鄭成功來台驅荷，進取臺灣以作抗清復明之基地。鄭王座艦行抵鹿耳門外時已潮退水淺，無法進港。鄭王命設香案，冠帶禱告，祈求皇天列祖賜助潮水；並乘後潮之際，下小船由鹿耳門嶼登岸踏勘營地，蓦見聖母廟，乃入內焚香默禱，祈求鹿耳門媽顯靈庇佑。鄭王返艦後不久，潮水果然較平時加漲，鄭軍四百戰艦遂得魚貫渡過天險鹿耳門港道，駛入台江，殲滅荷方水陸兩軍，大獲全勝，奠定驅荷開台之基礎。 明永曆十六年(一六六二)春，荷人投降離臺後，鄭王開臺大業底定，為答『鹿耳門媽』顯靈相助之恩，乃大興土木重建神廟於登陸處(位於鹿耳門嶼西北隅濱台灣海峽)。廟分二殿，坐東向西，門迎海口；旁設砲臺，設官把守；並增祀隨艦護軍之三尊聖母神像〔信徒稱曰「國姓媽」〕，贈珍寶、立旗杆，春秋二祭:視為明鄭官建之鹿耳門聖母廟。康熙末年修的《臺灣縣志》記其事云:在鹿耳門媽祖廟，康熙五十八年，各官捐俸重建鹿耳門聖母廟，其廟址位於鹿耳門嶼與北線尾嶼接壤處〔今鹿耳門溪下游北畔〕。其廟凡二殿，前殿祀媽祖，後殿祀觀音，各覆以亭；兩旁建僧舍六間，僧人居之，以奉香火:是為清領時期官建之鹿耳門聖母廟。神殿坐海向山，四周環海，南有七星﹝七個鯤鯓﹞護穴，北有鉤月〔青草崙〕高照，四面浪濤澎湃，彷如羅漢侍奉；鹿耳門媽端坐蓮花之地，日觀萬山聳翠，夜覽千舟魚燈。清雍正乾隆年間，鹿耳門商民雲集、香客如潮，聖母廟香火鼎盛，冠甲全臺。