黄金博物馆的主要馆舍规划包含有:介绍与展示矿业文化及黄金物理特性的「黄金馆」；让民众能够深入矿坑坑道体验采矿情景的「本山五坑坑道体验」；展示金瓜石地区生态环境与地质矿体特色的「环境馆」；「太子宾馆」则开放周边庭园参观，让民众欣赏优雅的日式传统建筑之美；此外，地质公园、金瓜石神社、茶壶山、战俘营、黄金瀑布等人文生态地质景观，亦是园区周边不容错过的重要景点。在黄金博物馆园区里，不只有博物馆，还有坑道体验、神社遗址、四连栋日式宿舍、太子宾馆、派出所、邮局，是国内第一座以生态博物馆为理念的园区。在黄金博物馆，展示了九份、金瓜石一带的采矿历史和相关矿业文物及各种黄金相关的知识，也能亲自触摸重达220公斤的999金砖。而保存良好的「太子宾馆」，为日治时期日本田中矿业株式会社为招待当时日本的皇太子预定视察金瓜石矿业，於1922年所兴建的临时行馆。虽然後来没等到贵宾，但形制、建筑格局乃至於庭园中的一草一木，都经过精心设计，为台湾现存首屈一指的日式木造建筑及庭园造景。而本山五坑，是现今仍保存完整的矿坑之一，红砖砌成的坑道口已开放供游客进入观赏，过去采金用的压风机、矿车头、等依旧让游客能够亲身体验实际的矿坑坑道。