早期的木栅地区由於地处台北盆地内地且交通不便，故传教工作未能顺利进行。约莫在清光绪元年(西元1875年)指南山区茶农张乃鸿途经新店附近，适逢马偕博士(偕叡理牧师)正在布道，其中圣经上马太福音十一章二十八节中：「来吧！所有劳苦、背负重担的人都到我这里来！我要使你们得到安息。」，因为张乃鸿经常挑重担所以这句话深深吸引了他。从此他开始信主并每逢主日和妻子到新店教会做礼拜，後来张乃鸿於光绪4年(西元1878年)亦成为新店教会长老。 由於新店教会路途遥远，於是张乃鸿於光绪17年(西元1891年)8月在指南村渡船头(政大渡贤桥附近)成立「内湖教会」(新店教会的支会)。日据时期明治30年(西元1897年)张等人(注)以三十元在开元街购得现址并於次年4月30日完成献堂，取名「木栅教会」。 民国43年4月17日正式升格为堂会，之後由於内部不和谐，於民国45年另一批信徒在同一条街不到五十公尺处成立「新兴教会」。直到民国51年在台北中会的努力下，两间教会复合并更名「文山教会」至今。同年4月22日重建新教堂即目前之旧堂。由於後来教徒增加，教堂无法容纳，於是在民国83年3月13日动土兴建新教堂，期间遇到重重阻碍，直到民国87年4月12日才完成献堂工作。 在教会的对面正是木栅老街的起点「顶店」，即今日开元街35号位置。为旧时来往商客必经之地，现已变成一般店家，但斜斜的屋顶和木制窗框依稀可看出当年繁华的景象。 注:当时会友计有张乃鸿、张建孢、张进来、张坤、张三旗、张乃省、张榜、张乃妙、张海水等九户。(参见文山教会设教110周年纪念特刊)