嘉義縣自然史教育館是台灣省立博物館(現為國立台灣博物館)的八個分館之一。於民國85年(西元1996年)5月23日正式開館經營。教育館內的展示室一共有三樓。一樓提供給台中科博館作巡迴展出。二樓是文化展示室，分為各種文物區，包括古地圖、古文書、古農具竹編、考古挖掘文物，以及新港的各種文化呈現，如宗教、禮儀、教育、生活…等等。這一區可說是新港歷史的代表，也是鄉土教學的極佳場所。再往上走，三樓就是岩石、礦物、動物標本展示室。這裡所有的標本原本都是寶壇博物館的所有物，是日治時代台灣的三大博物館之一。裡面設有三架偏光顯微鏡投影機，專門提供遊客觀察各種岩石構造成份，還有156片岩石載玻片標本，能夠透過投影機顯現各種岩石成分的顏色紋路。整個自然史教育館具有極高的教育意義，也是當地國小極佳的校外教學去處。