谢金銮《续修台湾志》:「在北大门外。…康熙27年,左营守备孟大志建。31年火,32年,僧幕众重建,竹木花果甚盛。乾隆56年,里人修。」道光之後,民间传说为府城「七寺八庙」之一。日治时,寺被毁,改为育苗试验圃。纵贯铁路开辟後,该处改为铁路职员宿舍。乾隆年间,台湾知府蒋元枢就与黄檗寺僧有一段奇遇,据连雅堂的「台湾通史」宗教志云:「僧不之何许人也,逸其名,居寺中,绝勇力,能蹴庭中巨石,跃去数丈。…」 (资料来源:府城多奇庙)明治33年(1899年)将部分荒废的黄檗寺拆除,辟建日本陆军卫戍医院(前804总院),今