2000年8月13日，慈济医疗志业在台湾西部设置的第一家医院 - 大林慈济医院，在证严上人与全球慈济人的祝福与期待之下正式启业，开启了慈济在台湾西部地区医疗的新页，大林慈济医院虽位处乡间，交通系统位于高速公路大林交流道5分钟距离，梅山交流道10分钟距离，邻近云林与嘉义高铁站车程约25分钟内，全院同仁始终用心致力打造高科技，高品质，高人文触感的医疗，以「守护生命的磐石」来自我砥砺，将宗旨「守护生命，守护健康，守护爱」的医疗文化与爱的种子，散播在丰饶的嘉南平原上落地生根，繁荣滋长。
从同仁，病人，环境，社区四大面向齐步推动健康促进医院，大林慈济医院在2011年及2012年，分别获得国内「健康促进医院典范奖」，以及世界卫生组织颁发「国际健康促进医院典范奖（世界卫生组织HPH标准奖的杰出履行），是全球第一个获得此殊荣的医院。大林小镇已向国际散发光与热，吸引各国医疗人员前来观摩学习。追求病人安全及医疗品质文化，近年2013年起迄今获QCC金，银，铜，创意奖，SNQ标章等64奖项，3项专利，发表与演讲70场次以上。大林慈院积极跨越科际藩篱，团队合心为每一位病人量身提供最适切完善的服务，本院拥有超过156名专科医师及750名护理人员2013年起导入「聚焦病人方法」PFM检核改善医疗品质，2012 - 2016年连续5年获颁发高龄友善医院优良奖，发展整合医疗服务中心，如肿瘤中心，失智症中心，风免中心，关节中心，健康管理中心等以病人为中心之服务，成为台湾医疗院所学习的典范医院之一。
大林慈济医院整合重难症专业人才及团队，精进新医疗技术提供整合性医疗服务
- 关节镜软骨再生促进术：在病程尚未达到不可逆期前，藉由消除包括内侧摩擦现象，局部或整体性滑膜炎，软骨碎片，破损半月软骨或外侧压迫现象等有害因素，并调整软骨之间的压力，提供受损软骨一个适合再生的环境。
- 白斑症（Dyschromia）免疫疗法：96.2％的病人在三个月内就能控制住病情，能有效停止白斑扩散，持续治疗下，3 - 4年内，80.5％的病人能有不同程度的色素回长，甚至回复正常肤色。每年就诊人数已达2656人，持续累积人次已达1万2千多位病人次，求诊病人遍及台湾及海外。
- 贝歇氏症肠道发炎重症（Behcet disease中的炎症性肠病）治疗：使用单株抗体治疗贝歇氏症肠道发炎重症的医院，平均使用三个月后可缓解疾病进展，本院95.83％病人的肠壁增厚治疗后可以缓解; 83.3％无肠道再出血（rebleeding）; 85.7％无肠道再穿孔（reperforation）的情形。
- 器官移植（肝脏，肾脏）：健保署2016年最新公告移植存活率，本院肾脏移植3年存活率达到94％，台湾排名并列第5，肝脏移植五年存活率为70％（相当台湾平均） ，而术后五年活体肾脏移植存活率为100％，肝脏为80％，成果优良。2001年至今完成113例肝肾移植及捐赠手术，其中63例为移植（含活体）手术。
- 经导管微创主动脉瓣置换手术：发展主动脉复合式手术，将传统开胸主动脉弓置换手术跟血管腔内支架置放结合，大幅减少伤口范围及手术后并发症以导管微创方式进行主动脉瓣置换，与传统手术相比，伤口大小，手术时间及恢复时程皆大幅减少。
- 尖端放射治疗整合照护模式：2010年成立光子刀及锐速刀中心执行高精度度放射手术（误差值<0.75mm），让病人可有免于开刀的治疗选择。并于2016年购入True Beam（标靶真光刀），搭配6D智慧调控床，并创新呼吸调控治疗技术，进行身体立体定位放射手术，建构最优化治疗计画资料库为基础SIEB。
- 全流程电子管控放射治疗：开发整合型放射肿瘤资讯平台（综合放射治疗肿瘤信息平台[IROIP]），将放射治疗全流程电子管控，系统性全面的提升放射治疗安全，提升整体医疗品质获两项台湾专利。
- 腹腔镜减重手术：提供「专业减重与代谢手术中心认证合格」之专业咨询服务，整合式门诊及减重手术，以改善病人三高等健康问题。
- 重难症冠心病之心导管介入治疗：心导管介入性治疗的伤口相较于外科开心绕道手术的伤口小（约2毫米大小），复原时间短（术后即可活动），对于心脏冠状动脉疾病的治疗成效显著。
- 高难度大角度复杂性脊椎侧弯脊椎矫正手术：僵直化脊椎炎或退化性疾病造成脊椎大角度弯曲，手术风险高，手术高度依赖医师精湛技术能力与医院配备。
- 内视镜脑下垂体肿瘤切除术：手术后头脸部外表无伤口，疼痛轻微，侵袭性低，恢复快速。
- 萤光显微手术：以五胺基酮戊酸（5-氨基乙酰丙酸; 5-ALA）做为萤光导引的切除术，是现今应用于恶性脑瘤切除的新技术，此技术可协助医师提高肿瘤细胞清除率，进而提升病人存活率。
- 头颈部肿瘤暨皮瓣重建：对于复发头颈部病人者或多次电疗者，为提升其存活率，降低复发率，本院以彻底根治性手术与游离皮瓣重建，来达成手术成功率，降低术后并发症。
- 腹腔镜胰脏尾端切除手术：2013年起发展腹腔镜胰脏尾端切除手术，此手术困难度高而复杂，台湾少有医院可执行此项手术。
- 内视镜黏膜切除术：内视镜黏膜切除术对早期食道癌，胃癌，肠癌病人的长期存活率不比外科手术差，却可避免大手术的风险与后遗症。
自2000年启业开始，大林慈济医院便陆续接受来自国际的转介病人，于海外亦有长期服务的资深志工团队以及国际慈济人医会组织，全程协助国际间需要诊治之病人。本院国际医疗服务中心设有专业的协调经理人，除了协助就医看诊的流程，也针对国际病人及家属提供便利的服务（包含住宿，交通接驳，观光，旅游规划等）和通讯设备的协助（包括电话，传真，网路等）。对于国际友人有任何医疗保健的需求，本院提供亲切优质的医疗服务团队并以先进的医疗技术是国际人士来台湾就医的最佳选择。