早期的木柵地區由於地處臺北盆地內地且交通不便，故傳教工作未能順利進行。約莫在清光緒元年(西元1875年)指南山區茶農張迺鴻途經新店附近，適逢馬偕博士(偕叡理牧師)正在佈道，其中聖經上馬太福音十一章二十八節中：「來吧！所有勞苦、背負重擔的人都到我這裡來！我要使你們得到安息。」，因為張迺鴻經常挑重擔所以這句話深深吸引了他。從此他開始信主並每逢主日和妻子到新店教會做禮拜，後來張迺鴻於光緒4年(西元1878年)亦成為新店教會長老。 由於新店教會路途遙遠，於是張迺鴻於光緒17年(西元1891年)8月在指南村渡船頭(政大渡賢橋附近)成立「內湖教會」(新店教會的支會)。日據時期明治30年(西元1897年)張等人(註)以三十元在開元街購得現址並於次年4月30日完成獻堂，取名「木柵教會」。 民國43年4月17日正式升格為堂會，之後由於內部不和諧，於民國45年另一批信徒在同一條街不到五十公尺處成立「新興教會」。直到民國51年在臺北中會的努力下，兩間教會復合並更名「文山教會」至今。同年4月22日重建新教堂即目前之舊堂。由於後來教徒增加，教堂無法容納，於是在民國83年3月13日動土興建新教堂，期間遇到重重阻礙，直到民國87年4月12日才完成獻堂工作。 在教會的對面正是木柵老街的起點「頂店」，即今日開元街35號位置。為舊時來往商客必經之地，現已變成一般店家，但斜斜的屋頂和木製窗框依稀可看出當年繁華的景象。 註:當時會友計有張迺鴻、張建孢、張進來、張坤、張三旗、張迺省、張榜、張迺妙、張海水等九戶。(參見文山教會設教110週年紀念特刊)