台江鯨豚館於2005年啟用，位於鹽田生態文化村旁，進到鯨豚館會見到巨大的抹香鯨骨骼標本(館目前陳列為布氏鯨，原抹香鯨因遭民眾觸碰多處損毀，送成大王建平教授修管)，大家應該還記憶深刻，館內目前存放展示的標本，是在2004年於台南市西門路小北夜市附近爆裂的母子抹香鯨遺骨所製作的，當時新聞可是全國的頭條大事，所幸整理過後一切回復如常，目前骨骼也完整保存於此，館內的解說看板上，也有介紹幾個鯨魚擱淺的歷史及原因，目前在此展示的是全台最大最完整的標本，除骨骼標本外還有許多巨大的鯨魚內臟標本等展示於此，讓許多遊客看完嘖嘖稱奇。鯨豚館附近還有一個台江鯨豚救援中心，在附近海岸擱淺的鯨豚都會被送到這裡來照料救援，是非常適合對孩子們生命教育的場地，來此可連同附近的鹽田生態文化村一起走逛，會讓整個行程更為豐富。