西元1661年，延平郡王鄭成功率領戰船、將士，到達鹿耳門外海。但因為水位太淺，大船無法進港，便在船頭設香案禱告蒼天，當時艦上有一尊隨艦媽祖，蒙媽祖庇佑，瞬間潮水驟漲丈餘，大軍得以魚貫而入，順利攻取赤嵌樓也收復台灣。鄭成功感念媽祖的恩德，於是在鹿耳門建廟，將隨艦媽祖奉祀於廟內，也成了鹿耳門天后宮的最初雛形。但其實鹿耳門天后宮曾在1871年時曾到一場大洪水給沖毀，台江內海也在這些年內逐漸淤積，鹿耳門港成了船隻無法通行的土地，台灣八景之一的「鹿耳連帆」，也就此一去不返，媽祖也在洪水後由爐主輪流供俸，直到1946再次於現址建廟，1977年再次擴建，目前看到的鹿耳門天后宮已是2002年再次斥資建設後的模樣，但不管如何，鹿耳門天后宮的媽祖依然是來往遊客必定進入參拜的聖殿。