中埔研究中心肇始於日治时期明治四十一年，在嘉义埤子头创设苗圃，从事橡胶树之繁殖试验，翌年十月复於山仔顶辟设试验地，而後又在中埔庄(今之中埔乡)之沄水溪沿岸开拓官有山林，从事各种橡胶树类之造林及采胶试验。明治四十四年为扩大试验规模合并埤子头、山仔顶及沄水等三试验地，成立台湾省林业试验场嘉义支场。 大正十年改隶为中央研究所林业部嘉义试验支所，设总办公处於山仔顶，并实施柚木、铁刀木、橡胶树之造林试验。後於昭和六年因业务需要迁移办公处於沄水而改称林业试验所中埔支所，一九四五年二战後，改称台湾省林业试验所中埔分所。民国八十二年为加强环境保护林之研究与推广，设置四湖工作站专司海岸防风林之研究，并积极推动成为海岸林经营示范基地。民国八十八年配合政府组织调整，改隶为行政院农委会林业试验所中埔分所其主要研究重点为加强海岸防风林之经营研究、落实植物园之经营管理、建立环境保护林育林及作业体系。