中埔研究中心肇始於民国前4年,台湾总督府殖产局在嘉义埤子头创设苗圃,从事橡胶树之繁殖试验,翌年十月复於山仔顶辟设试验地,而後又在中埔庄(今之中埔乡)之澐水溪沿岸开拓官有山林,从事橡胶树类之造林及采胶试验。民国前1年为扩大试验规模,合并埤子头、山仔顶及澐水等三试验地成立台湾总督府殖产局林业试验场嘉义支场。民国10年改隶为中央研究所林业部嘉义试验支所,设总办公处於山仔顶,并实施柚木、铁刀木、橡胶树之造林试验。民国20年因业务需要迁移办公处於澐水并改称林业试验所中埔支所,民国34年台湾光复後,改称台湾省林业试验所中埔分所。民国82年为加强环境保护林之研究与推广,设置四湖工作站专司海岸防风林之研究,并积极推动成为海岸林经营示范基地。民国88年政府组织调整,改隶为行政院农委会林业试验所中埔分所,民国91年改称中埔研究中心,民国93年8月将行政中心移至嘉义市「环境保护林研究中心」现址。辖属据点分布於嘉义县、嘉义市与云林县境,包括澐水试验林、嘉义树木园、埤子头植物园及四湖工作站。随着时代的变迁,本中心的任务随之调整以海岸林、都市林及工业区环境林之营造技术研究及发展,「环境保护林研究中心」并设置生态教育馆展示相关主题,辖属植物园提供解说服务,期能发挥植栽绿化对环境避害防灾之保护效能及社会教育功能。