澎湖水族馆前身为澎湖水产试验所，自民国82年起动工，历经四年完工，并於87年4月起开放购票参观，当时为国内第一座同时结合科技研究、社会教育与观光游憩等多样化功能的水族馆，同时也是当时全东南亚最大的水族馆。澎湖水族馆的展览区水族馆为一座二层建物，占地2.5公顷，面积4690平方公尺，外观为碧绿色屋瓦搭配灰白色墙身，馆外有一座凉亭式了望台可远眺员贝岛；沿着海堤有一条玄武岩石所铺设的步道，可直接步行至港子古榕树下乘凉、至岐头亲水公园及岐头观光码头旁潮间带弄潮，整体呈现出夏日清爽、悠闲、宽阔的色调及意像。