明永历15年(西元1661年），「二娘娘」的神像，随郑成功之水师，为航海守护神，由福建渡海来台。平台後，士兵分驻各地养军垦荒，当时有郑成功之部将率兵进驻大内「北仔尾」（後改称国姓湖），并将二娘娘觅地安座，供奉膜拜。是时二娘娘展望南方高山三座，巍峨鼎立(按昔日蒙正庄至本庄山仔尾山岳连绵，山秀地灵，乃是安居吉祥之地)，於是指示驻军迁居山仔顶，再由信士林电，恭迎二娘娘至现庙址之左前方，搭建草舍为庙，供奉二娘娘，而尊定了天后宫之开基。咸豊元年(西元1851年)由於信徒日益增加，茅茨庙宇顿显简陋，不敷所需，始以土埆修葺，砌泥为墙，结构益臻完善。直至清光绪五年(西元1879年)因遭地震波及，庙身倾颓危岌，重修宫殿已刻不容缓，乃着手筹划，於翌年迁建现址。复由善化「茄菝天后宫」奉请大妈，再由善化「庆安宫」奉请三妈，各雕神像合祀，而二娘娘则改称「二妈」。 随後由大内大瓠仑奉请「玄天上帝」及列位神尊同祀，自此香火益见鼎盛，外境善男信女求安参拜者络绎不绝。西元1912年增筑两侧厢房，且进行庙身翻修工程。西元1928年复由杨清桂、林阮坚、林阮昌三位主事鸠资修整。 迨台湾光复後，由於岁月更迭，风雨剥蚀，致使庙宇破旧不堪，虽有热心善众提议重整，奈因财源拮据，不克举建。其时妈祖神威显赫，分在全台各地降坛救世，解除人间疾苦，各地分宫纷相成立，信徒日众。民国五十一年，始由当时庙宇管理人田章，村长林朝辉与该届各委员，栉风沐雨，热心劝募，全体信众踊跃捐输，而於同年十月五日破土兴工，隔年终於告竣。并择吉日於民国五十三年十一月举行清醮祭典，以祈祥佑福，祝祷国泰民安，恩庆同临，科仪极肃穆庄严。(资料来源:山上天后宫官网)