日治时期日人於三崁店糖厂设立神社。供奉能久亲王、天照大神、丰受大神。神社是日本人的信仰中心，当时在台南区域内有多处神社，但靠近市区的大多已经毁坏或是改建消失，神社选址大多会选在环境幽静，林木茂盛之处，三崁店神社便是最佳代表，因为较为隐密离市区稍远，且位於糖厂中，时间演进中，神社上的木构造虽已消失，但仍可见完整的本殿、鸟居、手洗社、石灯、参道、社务所…等神社建筑设施的基座，进到里面有如走入隐密的林间神社遗迹中，一片绿意的树林也保护了丰富的生态，雨後地面的积水倒映着整片遗址，犹如电影场景般的梦幻，平时也常有喜好生态摄影的游客前来寻觅栖息於此秘境中珍贵的诸罗树蛙。