明朝永曆年間，有一位祭奉媽祖香火的出家人，從福建渡海來到阿猴（今屏東市），起初暫時將媽祖神像恭放官衙中虔拜，不過令人不解的是，只要每到半夜就會出現一道閃爍的紅光，剛開始眾人無法理解紅光的涵義，經過一段時間，終於悟出這是媽祖顯靈的現象，於是集議興建宮廟恭奉。這是慈鳳宮於1737年（清乾隆2年）起建的遠因，也是信徒間傳頌久遠的神蹟故事。慈鳳宮創建二百多年來，曾經在民國72年發生一次最嚴重的火災，因為電線走火造成前後兩殿幾乎燒毀殆盡，但是令信眾感到安心及嘖嘖稱奇的是，廟內供奉的神尊卻毫髮無傷。在遭遇這次的祝融災情後，隨即展開歷時十五年的大規模重建工程，才成為慈鳳宮現今的風貌。在懸掛「慈鳳宮」牌匾上方的屋頂，一眼就能看見裝飾的富麗堂皇的剪粘藝術，有栩栩如生的交趾陶人物及各色龍獸；正殿上方的藻井則由塗上金色的斗拱層層堆疊而成，不僅金碧輝煌，更顯得氣派非凡；而宮廟內百年以上歷史的古蹟文物也不少，像大殿裡雕紋細膩的石鼓及蟠龍石柱，懸掛殿堂的匾額及記載史事的石碑，都是清朝時代所頒留。經過重建之後的慈鳳宮，除了展現亮麗的廟庭風貌，更運用創意的思維，舉辦許多文化活動，讓人得以重新認識傳統宗教的形貌，譬如阿猴媽祖文化季、會香神駕遶境、八家將官將首比賽等，除了宣揚宗教的價值，也凝焠出更深層的文化內涵。