大鵬灣擺脫了過去軍事用途背景與蚵田遍域的歲月，目前朝向水上觀光遊憩活動發展。然欲推動水上遊憩活動，首先要考量水質夠好否。有鑑於此，鵬管處投入大量心力長期做水質監測。 為改善水質，並兼顧恢復當地原有濕地景觀，具體作法就是利用環灣周遭已經廢養的魚塭，加以改造變身成為:基礎建設投資少、運行費用低、管理維護簡單方便、兼有調節微氣候、改善環境等諸多功能的「人工濕地」，作為廢污水處理基地。 由於大鵬灣人工濕地群所處理的廢污水，以周遭養殖魚塭排放的廢水為主，而養殖魚塭所用之水乃來自於大鵬灣域的海水，故濕地所要處理的不是淡水，而是海水，所以大鵬灣諸多濕地，為國內少數的鹹水人工濕地，算是一大特色。事實證明，濕地環境中所栽植的水生植物，有效地改善了當地原有的生態景觀，同時增加水生動植物的生活空間，豐富美化大鵬灣水域景觀，突顯出綠色生態。